Los sistemas de almacenamiento, transporte y distribución de hidrógeno son esenciales para garantizar   el suministro a los posibles usuarios finales.

Existen diversos sistemas de almacenamiento del hidrógeno. La elección del sistema más adecuado dependerá de   la aplicación final en la que vaya a utilizarse.
Almacenamiento
Almacenamiento a presión: Normalmente se almacena a una presión entre 200-350 bar en tanques o cilindros de acero. Como la cantidad de hidrógeno almacenado depende de la presión -cuanto mayor es la presión, más gas hidrógeno se almacena, hoy en día se está trabajando en el desarrollo de materiales, como la fibra de carbón o aluminio, que tengan la capacidad de soportar una presión de hasta 700 bar. Este aspecto es especialmente importante para la aplicación en transporte.
Almacenamiento líquido: El hidrógeno pasa al estado líquido a una temperatura inferior a -235 ºC. Se utilizan tanques especiales («criogénicos»), que es necesario enfriar para   mantener las bajas temperaturas interiores que se requieren. Este sistema sólo es utilizado cuando se necesita maximizar la capacidad de almacenamiento en un espacio reducido como puede ser el caso del transporte.
Hidruros metálicos: Diversos metales forman compuestos con el hidrógeno, conocidos como hidruros. La formación de estos compuestos es reversible, de forma que es posible volver fácilmente a tener el hidrógeno y el metal inicial. Este sistema ofrece una alta capacidad de almacenamiento y presenta diversas ventajas de seguridad y manipulación (almacenamiento sólido a presión y temperatura ambiente) frente a otros sistemas. Sus principales desventajas son el elevado peso de los equipos y su alto precio.
Nanotubos de carbono: Son estructuras de grafito, en forma de hexágonos de carbono, que se disponen formando tubos de diámetro muy pequeño (nanotubos), dentro de los cuales puede almacenarse gran cantidad de hidrógeno. Los investigadores están desarrollando diversos procedimientos y, aunque aún hay disparidad en los resultados, todos coinciden en el gran potencial del sistema.
Transporte
En principio, el hidrogeno puede ser transportado en estado gaseoso  o líquido , pudiendo distribuirse a través de tuberías o mediante camiones, barcos o trenes, que incorporan alguno de los métodos de almacenamiento vistos con anterioridad.
Distrbucción
La distribución es el proceso de puesta a disposición del usuario final del hidrógeno. Actualmente, se realiza desde tanques a presión en el punto de suministro. En el futuro, cuando se generalice el uso del hidrógeno en la llamada «sociedad del hidrógeno», se diseñarán sistemas de interconexión por tubería que lo hagan llegar a los puntos de consumo, y también estaciones de servicio de hidrógeno -«hidrogeneras »-, que permitirán una rápida recarga de cualquier vehículo propulsado por hidrógeno. A día de hoy, son muchos los proyectos que han avanzado estas soluciones.